发布时间 : 星期三 文章AutoDock&ADT教程 - 图文更新完毕开始阅读1683b84c192e45361166f516
图32：ind播放控制对话框
单击ind播放控制对话框上的&按钮，打开Set Play Options对话框，钩选Show Info可显示当前构象的相关信息（图33）。
图33：Set Play Options及Info窗口
将Color by下拉菜单选为vdw，当前构象则按照范德华作用力的大小来进行着色（图34）。
图34：使用Set Play Options对话框更改构象着色方式
点击Build All按钮可将所有构象重叠在一起显示显示（图35）；如果点击Build Current按钮则将当前显示的构象添加到显示窗口中，方便比较不同的对接构象。
图35：所有构象重叠显示效果
点击Play Parameters，则可设置动画播放选项，包括：帧速率、开始帧、结束帧以及步长（图36）。
图36：播放参数设置面板
3．聚类构象
ADT可以将对接结果相似的分子构象进行聚类，这样会极大的方便对不同对接结果的分析和比较。
ADT菜单：Analyze → Clusterings → Show … 显示2.0 clustering交互式柱状图（图37），单击柱状图上相应的条带，分子显示窗口中将显示相应的分子构象，ADT默认只对tolerance（RMS值公差）2.0进行一次聚类。图中横坐标为结合能（Energy），纵坐标为分子构象数量（各条带构象数量总合为10）。
图37：2.0 rms聚类结果
以上仅按照2.0 rms进行聚类显然还是不容易比较分析对接所产生的10个构象，所以我们分别按rms：1.0，2.0和3.0对对接结果进行重新聚类。
ADT菜单：Analyze → Clusterings → Recluster …重新聚类，将tolerance（RMS值公差）设为1.0，2.0和3.0，输入输出文件名称，点击OK重新聚类。
图38：Cluster ind Conformations对话框
ADT菜单：Analyze → Clusterings → Show … 选择RMS值公差后显示聚类图表（图38）：
图38：选择不同rms进行聚类的结果
以ind：2.0 rms为例，点击柱状图中最左边条带（纵坐标为2包含两个分子构象），分子构象载入分子显示窗口，同时出现ind对话框，通过点击左/右键可以很方便的切换这两个分子（图39）。
图39：观察聚类后的分子构象
4． 在Receptor环境中观察对接构象
ADT菜单：Analyze → Macromolecule → Open … 载入Receptor刚性部分分子“hsg1_rigid.pdbqt”，这样就能看到Ligand分子在Receptor分子中的情况（图40）。