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冷菌 20-25℃ 5-7d或5-10℃ 10-14d；嗜热菌 45-55℃ 2-3天）如果要检验样品中所有种类，必须用不同培养基及不同培养条件去满足其要求，才能把各种细菌都检验出来，这样工作量将会很大。
我们也知道，自然界尽管细菌种类很多，但异养、中温、好气性细菌占绝大多数。因此，严格讲，用这种方法所得到的结果，主要是一些能在营养琼脂上生长的，好氧性嗜温细菌的菌落总数。但是把它们作为细菌总数已得到公认。这不仅在食品的卫生检验中，而且在一切微生物区系分析中，都把它们作为了细菌总数的指标。
注意的是并不是所有食品都规定细菌指标，如酸乳等。 2．大肠菌群
由于有时食品中细菌总数很高，但食品不一定会出现腐败现象，故细菌总数指标只有和其它指标配合起来，才能对食品卫生质量作出比较正确的判断。大肠菌群指一群在37℃，24hr能够发酵乳糖，并产酸产气，需氧或兼性厌氧生长的G-的无芽孢杆菌。其中包括大肠杆菌、产气杆菌和一些中间类型的细菌，这群细菌能在含有胆盐的培养基上生长。实际上包括埃希氏菌属、柠檬酸细菌属、肠杆菌属、克雷伯氏菌属等，其中以埃希氏菌属为主，称为典型大肠杆菌，其它三属称为非典型大肠杆菌。
由于大肠菌群都是直接或间接来自人或温血动物的粪便，来自粪便以外的极为罕见，所以大肠菌群作为食品卫生标准有以下两方面的意义。
一方面，它可以作为粪便污染食品的指标菌。如果食品中检出大肠菌群，表明该食品曾受到人或温血动物粪便污染。如有典型大肠杆菌存在，说明该食品受到粪便近期污染。如有非典型大肠杆菌存在，说明该食品受到粪便陈旧污染。
另一方面，它可以作为肠道致病菌污染食品的指标菌。威胁食品安全性的主要是肠道致病菌。
如要对食品逐批或经常检验肠道致病菌有一定困难，特别是当食品中致病菌含量极少时，往往不能检出。由于大肠菌群在粪便中的数量较大（约占2%），容易检出，与肠道致病菌来源相同，而且一般条件下，在外界环境中生存时间也与主要肠道致病菌相近，故常用来作为肠道致病菌污染食品的指示菌。
当食品检出有大肠菌群时，肠道致病菌有存在的可能，大肠菌群数值愈高，肠道致病菌存在的可能性就愈大，当然也有可能没有致病菌存在，因为两者之间并非一定平行存在。
我国和许多国家的大肠菌群检验结果均采用大肠菌群MPN来表示，即采用每100ml（mg）样品中大肠菌群最近似数来表示。
MPN值是按一定方案检验结果的统计数值，这种检验方案，在我国统一采用样品三个稀释度各三管的乳糖发酵三步法（为什么？具体方法实验讲）。 3．病原菌
食品中不允许有致病性病原菌存在，这是食品卫生质量指标中必不可少的标准之一。
由于病原菌种类繁多，且食品的加工、贮藏条件各异，因此被病原菌污染情况是不同的，如何检验食品中的病原菌，只有根据不同食品可能污染的情况来针对性的检查，如禽、蛋、肉类食品必须作沙门氏菌的检查；酸度不高的罐头必须作肉毒梭菌检查；而当发生食物中毒时必须根据当时当地传染病的流行情况，对食品进行有关病原菌检查，如沙门氏菌、志贺氏菌、变形杆菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌等检查，果蔬制品还应进行霉菌计数。另外，有些病原菌能产生毒素，毒素的检查也是一项不容忽视的指标，因为有时当菌体死亡后，毒素还继续存在。
毒素的检查一般以动物实验法，测定其最小致死量，半数致死量等指标，总之，病原微生物及其代谢产物的检查都属于病原菌检验内容。 三、部分食品的卫生指标
不同食品有不同的卫生指标要求，我国国标中对一些食品的卫生指标作了规定，但由于食品种类较多，而且随着食品科学发展，新的食品种类层出不穷。但制定食品标准要试验数据并通过试行阶段后才能正式成文，所以目前有的食品还没有卫生标准或有些属于试行标准。
各类食品卫生指标中的微生物指标见中华人民共和国食品卫生国家标准微生物学部分。 第二节 食品卫生微生物学检验
一、 食品卫生微生物学检验总则 食品卫生微生物学，是应用微生物学的理论和实验方法，根据卫生学的观点，来研究食品中微生物的有无、种类、性质、活动规律以及对人类生产和健康的影响。通过检验，可以基本判断食品的卫生质量。 食品卫生微生物学检验一般包括采样、送检、样品保存。 1．样品采集（采样）
采样是从待鉴定的一大批食品中抽取小部分用于检验的过程。采样要具有代表性。采样检验是进行食品卫生质量鉴定，说明食品是否遭受污染，以及污染的来源、途径、种类和危害，以便进行食品卫生的指导、监督、管理和科学研究的重要依据和手段。故在食品检验中，采样是至关重要的，所采样品要求必须具有代表性。
食品因原料来源、加工方法、运输保藏条件、 销售中各个环节以及人们的责任心和卫生认识水平等因素，都影响食品的卫生质量，故采样时必须予以周密考虑.采样必须在无菌条件下进行，所有与样品接触的用具都应经过灭菌。采样时应根据样品的种类来取。如袋、瓶和罐装者，应取完整未开封的包装；如果样品很大，应无菌取样；若样品是固体粉末，应边取边混合；若是液体的，应振荡混匀后取样；若是冷冻食品，采样后应保持在冷冻状态，非冷冻食品需在0-5℃中保存。
样品采好应立即贴上标签，写明品名、来源、数量、采样地点、采样人及采样时间。 2．送检
采好样品应尽快送食品卫生微生物检验室检验，最好不超过3h。检验室接到样品后，应随时登记编号，并按检样要求，立即将样品放入冰箱或冰盒中，积极准备条件进行检验。 3．样品保存
一般阳性样品在报告发出3d后（特殊情况可适当延长）才能处理。进口食品阳性样品需保存6个月后才能处理，以便复检和再次证明。阴性样品可以及时处理。 1．细菌总数的测定 ⑴ 固体样品
用1ml无菌吸管吸取1：10稀释液1ml，注入9ml无菌生理盐水试管内，振荡试管混合均匀，制成1：100稀释液，再依次逐级稀释。根据样品污染情况，选择2-3个稀释度，每个稀释度倒2-3个LB平板，待凝固后，倒置于37℃恒温恒湿条件下培养，24h计数，将结果经过换算，可得每g样品中所含的菌落总数。 ⑵ 液体样品
混匀后，用1ml无菌吸管直接吸取样品1ml，按上述方法进行10倍递增稀释，根据样品不同的污染程度，选择2-3个稀释度，注入到12-15ml的营养琼脂培养基，然后同上培养后计数。 2．大肠菌群最近似数（MPN）测定 ⑴ 发酵试验 ① 固体样品
用10ml无菌吸管吸取1：10混悬液10ml，接种于双料乳糖胆盐发酵管，共接种3支。 ② 液体样品
用10ml无菌吸管吸取样品10ml，接种于双料乳糖胆盐发酵管内，接种3支，再用1ml 无菌吸管吸取样品1ml，接种于单料乳糖胆盐发酵管，接种3支。
有些样品，如牛奶、酱油、炼乳、汽水等，是用1ml吸管吸取样品1ml，接种于单料乳糖胆盐发酵管，接种3支，另用1ml吸管吸1：10稀释液1ml，接种于单料乳糖胆盐发酵管，接种3支。 ⑵ 分离培养
将所有产气发酵管，分别转接到EMB平板或麦康凯平板上，37℃，18-24hr，观察菌落形态，做G染色。 ⑶ 复发酵试验
在上述平板上，挑取可疑的大肠菌群菌落1-2个作G染色，同时接种乳糖发酵管，置37℃培养24±2h，观察产气情况，凡乳糖管产气、G-、无芽孢杆菌，即可报告大肠菌群阳性，反之为阴性，最后按照阳性管数，查找大肠菌群最近似数检索表报告结果。