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NTsys-pc2.02图解使用说明
Edit by mycobio
2004.11
1 数据的录入方法：
1.1 利用Ntedit直接录入数据
0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。
1.2 从excel表中直接读入数据
Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。
打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。文件另存为*.Nts格式
1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）
1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。DNA序列数据在Excel中输入格式如下：
1.5 其他数据的Excel输入如下
2 聚类分析
Ntsys-pc2.02界面如下
以下以图中数据为例介绍聚类过程：
2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。
2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。
Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。
2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算
得到树图如下
利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.
2.4 一致性分析：
可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。通常多选用MAJRUL方法
2.5 其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。
这是很久以前整理的，最早贴在这里，有兴趣的可以看看。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=10&id=1354147&sty=1