发布时间 : 星期五 文章MEGA软件的使用更新完毕开始阅读39aadff5f90f76c661371a80
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Within Group Means”选项，可以计算每个组组内的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute between Group Means”选项，可以计算分组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute net between Group Means”选项，可以计算分组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Sequence Diversity”选项中的“Mean Diversity Within Subpopulations”，可以计算亚组之间的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Sequence Diversity”选项中的“Mean Diversity for Entire Population”，可以计算整个群体的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Sequence Diversity”选项中的“Mean InterPopulation Diversity”，可以计算群体内部的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Sequence Diversity”选项中的“Coffient of Differentiation”，可以计算群体的变异系数，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：
3、系统发育树的构建
Mega程序构建系统发育树的功能很强大。它提供了四种构建系统发育树，还包括一些检验程序。这四种构建分子系统树的方法为：Neighbor-Joining（NJ，邻接法）、Minimum Evolution（ME，最小进化法）、Maximum Parsimony（MP，最大简约法）、Unweighted Pair Group Method With Arithmetic Mean（UPGMA，算术平均的不加权对群法）。其中，NJ法和UPGMA法都属于距离法。
其操作界面如下图所示：
邻接法是距离法构建系统发育的常用方法，此方法基于最小进化原理，而不使用优化标准。邻接法中一个重要概念就是“近邻”。在谱系树上，如果两个分支
之间只通过一个内部节点相连，那么这两个分支就被称为“近邻”。完全解析出的进化树是通过对完全没有解析出的“星型”进化树进行“分解”得到的，分解的步骤是连续不断地在最接近（实际上，是最孤立的）的序列对中插入树枝，而保留进化树的终端。于是，最接近的序列对被巩固了，而“星型”进化树被改善了，这个过程将不断重复。这种方法并不检验所有可能的拓扑结构，因此相对而言运算速度很快，也就是说，对于一个50个序列的进化树，只需要若干秒甚至更少。
具体操作：输入数据，点击Mega操作主界面“Phylogeny”中的“Constrcuct Phylogeny”选项中的“Neighbor-Joining（NJ）”，会弹出如下操作界面。
此操作界面可以显示数据的类型、计算分析的类型、构树的方法等等。 点击“Phylogeny Test and options”后边的按钮，可以设置检验的类型： None（不进行检验）、“Bootstrap”（自展法检验）、“Interior Branch Test”（内部分支检验）。选择后两种检验方法，可以设置自展的次数等等。设置完毕后，点击下边有对号标记的按钮即可返回原操作界面。其操作界面如下图所示：
点击“Model”按钮，可以选择计算遗传距离所用的距离模型。其它按钮的解释和使用前边已有介绍，这里不作赘述。设置完毕后，点击“Compute”按钮，即可开始计算分析。结果界面如下图所示：
上图即是利用邻接法构建的系统发育树。
点击此操作界面中的“File”按钮，会弹出一下拉菜单（如下图所示），此菜单包括八个选项：“Save Tree Session”（保存树文件，快捷方式为Ctrl+S）、“Export Current Tree”（导出当前的谱系树）、“Export All Trees”（导出所有的谱系树）、“Show Information”（显示有关谱系树的一些信息）、“Print”（打印）、“Print in a sheet”（在一张纸中打印）、“Printer setup”（启动打印机）、“Exit Tree Explorer”。
点击“Save Tree Session”选项，可以将树文件保存，有关系统树的所有信息都被存储。