发布时间 : 星期二 文章LAMMPS手册-中文版讲解更新完毕开始阅读3b6b2146767f5acfa1c7cd80
我们可以用以下几个软件来完成高质量的可视工作： VMD AtomEye Pymol Raster3d RasMol
最后要说一下的是，以下这些也是自由分子动力学包，它们大多数是并行的，可能也适合来完成你的研究工作，当然也可以与LAMMPS联合起来使用以完成模拟工作。
CHARMM AMBER NAMD NWCHEM DL_POLY Tinker
CHARMM，AMBER，NAMD，NWCHEM，Tinker是专们用于模拟生物分子的。
二、开始
本部分主要描述如何创建和运行LAMMPS。 1． 在LAMMPS发行包理含有： README LICENSE
Bench：测式任务 Doc：文本
Examples：简单的测试任务
Potentials：嵌入原子方法与力场文件 Src：源代码
Tools: 前处理与后处理工具
假如你下载的是windows可执行文件的话，你里面只有一个文件（并行与非并行两种） Lmp-windows.exe 2. 编译LAMMPS 之前的工作：
编译LAMMPS不是一个繁琐的工作。首先你可能要写一个makefile文件，里面要选择编译器，附加的一些将要用到的库等。事先装上MPI或FFT等库。 编译出一个可执行LAMMPS：
在SRC目录里头含有C++源文件和头文件。当然也包括一个高水平的Makefile，在MAKE目录里头有几个低水平的Makefile.*files分别适有不同的平台。进入SRC目录，输入make或gmake，你将会看到一列的可选项。假如其中有一种符合你的机器，你可以输入像下面一样的命令： Make linux Gmake mac
注意，在一个多处理器或多核处理器的平台上你可以进行平行编译，在make命令中使用“-j”选项就可以，这样编译起来会更快一些。
在此过程中不发生错误的话，你可以得到一个类似于lmp-linux的可执行文件。
在编译过程当中将会发生的常见错误：
（1） 如果编译过程当中发生错误，并提示不能找到一个含有通配符*为名的文件的话，说明你
机器上的make器允许makefile中使用通配符。那就偿式使用gmake。如还不行的话，就试试加入-f选项，用Makefile.list作为make对像。如：
Make makelist
Make –f makefile.list linux Gmake –f makefile.lst mac
(2)当你使用低水平的makefile时，可能由于对机器的设置不正确，会导致一些错误。假如你的平台叫“foo”,的话，你将要在MAKE目录中创建一个Makefile.foo。使用任何一个与你机器相近的文件作为开始总是一个不错的选择。
（3）如你在链接的时候出现库丢失或少了依赖关系的话，可能是由于： 你编译的包需要一个附加的库，但却没有事先编译需要的package libaray. 你要链接的库在你的系统中不存在。 没有连接到必要的系统库
后两种问题出现，你就需要修改你的低水平makefile.foo. 编辑一个新的低水平makefile.foo:
（1） 在#后的句子中，替换foo，不论你写成什么，这一行将会出现在屏幕上，如果你只输入
make命令的话。
（2） 在“complier/linker settings”部分为你的C++编译器列出编译器与链接器的设置，包括优
化符号。你可以在任何UNIX系统中使用G++编译器。当然你也可以用MPICC，如果你的系统中安装了MPI的话。
如过在编译过程当中需要符加的库的话，你必需在LIB变量中列出来。
DEPFLAGS设置可以让C++编译器创建一个源文件的依赖关系列表，当源文件或头文件改变的时候可以加快编译速度。有些编译器不能创建依赖关系列表，或者你可以用选项—D来实现。G++可以使用-D。如果你的编译器不能创建依赖关系文件的话，那么你就需要创建一个Makefile.foo来与Makefile.storm（它用一系列的不需要依赖文件的规划）相对应。 （3）“system-specific settings”部分有四个小部分： A LMP—INC变量，包括一些与系统相关的条件选项。 B 3个MPI变量用于指定MPI库。
如你要进行并行计算的话，那么你必须在你的平台上安上MPI库。如你想用MPI内置C++编译器的话，你可以让这三个变量空着，如你不用MPICC的话，那么，你要指定MPI.h(MPI_INC)文件在哪，MPI(MPI_PATH)库在哪，还有库名(MPI_LIB).
如果你想自已安装MPI的话，我们建议用MPICH1.2或2.0。LAM MPI也可以。如果我的是大平始的话，你的供应商已经为你装上了MPI，其可能比MPICH或LAM更快，你可以把找出来并与之链接。如你用LAM或MPICH，你必需要设置他并编译他使之适合你的平台。
如果你想在单处理器的机器上运行的话，你可以用STIBS库，这样你就可以不用在你的系统中安装MPI库。防照makefile.serial，看是如果设置这三个变量的。当然你在编译LAMMPS之前你必需创建STUBS库。在STUBS目录中，输入make，不出错的话你将会得到一个libmpi.a文件可供链接到LAMMPS。当出错，你则要修改STUBS下的MAKEFILE。
STUBS/MPI.CPP有一个CPU计时器MPI_Wtime()可以调用gettimeofday(). 如你的系统不支持gettimeofday()，则你就要插入一句代码来调用另一个计时器，要注意的是，clock()函数在一个小时之后会归0，所以对于一个长时间的LAMMPS模拟来说这是不够用的。 C FTT变量用于指定FFT库，当要用到kspace-style命令来计算长程库伦作用时使用PPPM选项时要用到。
要使用此选项，你必须要在你的机器上安装一个一维的FFT库。可以能过开关—DFFT—XXX来指定，其中XXX=INTEL，DEC，SGI，SCSL，或FFTW。没有办法的情况下可以用供应商提供的库。FFTW是一个快速的，可移植性的库，它可以在任何一个平台上运行。最好2.1.X本。编译FFTW库时只要用./configure;make就可以。不任你是用哪一种FFT库，你都要在makefile.foo中正确的设置咱们的FFT_INC,FFT_PATH,FFT_LIB。
当然，你如果不用PPPM的话，你将没有必要安装FFT库。这种情况下，你可以把FFT_INC设成-DFFT-NONE并让其它几个变量空着。你也可以在编译LAMMPS时把KSPACE包剔除。 D 几个SYSLIB和SYSPATH变量你可以忽略，除非你在编译LAMMPS时其中有一个或几个包要用到附加的系统库。所有这些包都的的名称都将会是SYSLIB和SYSPATH变量的前辍。SYSLIB变量将列出系统库。SYSPATH则是路径，只有当这些库为非默认路径时才有设定。 最后，当你正确的写好了makefile.foo和预编译好了所有的其它库(MPI,FFT,包库等)之后，你只要在SRC目录下输入下面其中一个命令就可以了 Make foo Gmake foo
不出意外，你将会得到lmp_foo的可执行文件。 附加建义
（1） 为多平台编译LAMMPS
你可以在同一个SRC目录下为多平台编译LAMMPS。每一个目标都有他自已的目标路径，Obj_name 用于存贮指定系统的目标文件。 （2） 清理
输入make clear-all或make clean-foo将会清理LAMMPS在编译时创建的目标文件。 （3） 为windows编译LAMMPS
在LAMMPS下载页面上可以下载已经编译好了的windows可执行文件。
如已经编译好了的windows可执行文件不能满足你的要求的时候，你可以在windows平台上从源文件编译LAMMPS。但是不建义这么做。见./src/MAKE/Windows. 3 如何有选择性的编译LAMMPS 加入/剔除包
在LAMMPS编译之前可以加入或剔除所有或部分包。 只有两种况下是列外，GPU和OPT包。这此包中相互关联的包必须包括在一起。如果不是这样，那么在GPU和OPT子目录下的所有包都不能安装。要安装GPU包里的全部文件，asphere包须安装。要安装OPT下的所有文件，那么kspace与manybody包须首先安装。
当然，由于某些模拟用不到其中的某些包，那么你想把这些包剔除这是可以的。这样你就可以不用编译一些额外的库，当然你的可执行文件也将会更小，运行起来也会更快。 默认情况下，LAMMPS只包含kspace,manybody,molecule这三个包。
可以通过如make yes-name, make no-name来加入和剔除一些包，当然你也可以用make yes-standard, make no-standard,make yes –user, make no-user, make yes-all, make no-all加入或剔除各种包。Make package可以看到多个选项。 3 运行LAMMPS