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Mrbayes
命令-大步骤： Execute file.nex Lset Pset Mcmc Sump Sumt
Help +____ 各论： Lset命令参数
JC69/F81 nst=1
K80/HKY85 nst=2 GTR nst=6 +gamma rates=gamma
+I （^%$@*nvarable site?） rates=propinv +I+gamma rates=invgamma Eg.
GTR+gamma
Lset nst=6 rates=gamma HKY85
Lset nst=2 rates=equal
Prset 命令参数 实例
# 不同文件夹运行两次？？ Execute bglobin.nex #运行文件 Set p=1
Lset nst=2 rates=gamma #选择模型 Showmodel
Mcmcp ngen=100000 nruns=1 nchains=2 #运行代数；运行次数；同时运行个数。#看计算机的计算能力了#1000000
Sump #输出结果 #burnin=ngen/freq*0.25 Sumt 实战： 修改nex文件 Execute lihu.nex
Lset nst=6 rates=invgamma #GTR+I+gamma Set autoclose=yes
Mcmcp ngen=1000000 printfreq=100000 samplefreq=200 nchains=2 nruns=1 filename=lihu # Mcmc
Sumt filename=lihu burnin=1000 #约等于burnin=ngen/freq*0.25