发布时间 : 星期一 文章freesurfer皮层厚度分析更新完毕开始阅读7c3d0d2ce518964bce847c45
freesurfer 皮层厚度分析
深入了解网址：
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki
http://home.52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=25387&extra=page=2&filter=author&orderby=dateline&orderby=dateline
使用freesurfer 提取某个感兴趣区域的特征值（皮层厚度，面积，曲率，体积等）原则上说有两种方法： 直接法VS.间接法
直接法：利用freesurfer自有的parcellation 文件（aparc.annot 34 regions & aparc.a2005s.annot 84 regions）。
介绍：aparc.annot is Rahul Desikan, et al's, and a2005s is Christophe Destriux's. Both were derived from a group of brains labeled by hand. They are fairly different in the detail (Christophe's is very detailed). 异同：2005 consists of discrete sulcal and gyral labels with traditional anatomical names so there are a lot more labels (which is why Doug describes it as very detailed), whereas aparc in general collapses these into summary regions.
如果ROI就是annot已经定义的区域，那么一切就很好办。直接Overlay，提取即可。 不过一个未解之谜在于：这两个annot文件定义的区域与AAL、Brodmann模板定义的区域是否有一致性？
间接法；
比如说是V1，V2，MT区域的提取，这里涉及使用Fsaverage（已经给定了区域）。 mri_label2label --srclabel /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.V2.label --srcsubject fsaverage --trglabel V2_dinghai2mean.label --trgsubject dinghai --regmethod surface --hemi lh（核心函数）
label_thickness('dinghai/surf/lh.thickness','dinghai/label/lh.V1_dinghai2mean.label','dinghai/stats/lh_V1_thickness_sum.txt')
label_thickness是一个自定义的Matlab函数，其作用在于提取给定Label的区域的属性值。
为了方便的实现批处理，使用了下面的python程序处理： #创建一个namelist
import os import string
from string import Template
filepath = \fid = open(filepath,'r') lines = fid.readlines() fid.close()
filename=\fid = open(filename,'w')
for line in lines: sl1 = Template(\--srclabel /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.V2.label --srcsubject fsaverage --trglabel lh.V2_${x}.label --trgsubject ${x} --regmethod surface --hemi lh\cmd_sl1=sl1.substitute(x=line) cmd_sl1 = cmd_sl1.replace('\\r','') cmd_sl1 = cmd_sl1.replace('\\n','') cmd_sl2 = cmd_sl1.replace('V2','V1') cmd_sl3 = cmd_sl1.replace('V2','MT') cmd_sr1 = cmd_sl1.replace('lh','rh') cmd_sr2 = cmd_sl2.replace('lh','rh') cmd_sr3 = cmd_sl3.replace('lh','rh') # print cmd_s1 #os.system(\fid.write(cmd_sl1) fid.write('\\n')
fid.write(cmd_sl2) fid.write('\\n')
fid.write(cmd_sl3) fid.write('\\n')
fid.write(cmd_sr1) fid.write('\\n')
fid.write(cmd_sr2) fid.write('\\n')
fid.write(cmd_sr3) fid.write('\\n') fid.close()
============================================ 在Matlab中提取厚度更换上面的template为
sl1 = Template(\x}/stats/${x}_lh_V2_thickness_sum.txt');importfile('${x}/stats/${x}_lh_V2_thickness_sum.txt')\