发布时间 : 星期三 文章生物信息学实验指导2014-2015-1 - 解增言 - 图文更新完毕开始阅读807d655f453610661ed9f4d4
生物信息学实验
BLASTP：用蛋白质序列搜索蛋白质序列库 BLASTN：用核酸序列搜索核酸库
BLASTX：核酸序列对蛋白质库的比对，核酸序列在比对之前自动按照六个读码框翻译成蛋白质序列
TBLASTN：蛋白质序列对核酸库的比对，核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索
TBLASTX：核酸序列对核酸库在蛋白质质级别的比对，两者都在搜索之前翻译成为蛋白质质进行比对
图1-1 NCBI首页
图1-2 NCBI在线BLAST页面
三、实验内容（步骤）
本实验在NCBI核算和蛋白质库中查找拟南芥（Arabidopsis thaliana）LEC1（Leafy
5
生物信息学实验
Cotyledon1）基因的同源基因，LEC1基因属于HAP3基因家族。步骤包括：
1. 查找拟南芥LEC基因的核酸和蛋白质序列。
图1-2 在NCBI核算库中查找序列
2. BLASTN
图1-3 利用BLASTN查找同源基因
3. BLASTP
6
生物信息学实验
图1-4 利用BLASTP查找同源蛋白
四、实验报告
1．使用的软件/工具，实验步骤，结果文件记录/截图； 2．实验中遇到的问题，如何解决的。
五、参考文献
Altschul SF, Madden TL, Sch?ffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. 1997. Gapped BLAST and
PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-402.
7
生物信息学实验
实验2 本地BLAST同源序列查询
一、实验目的
1． 掌握本地版BLAST软件的使用方法。
二、实验原理
NCBI提供了在线的BLAST服务，但有时需要对某个基因组做BLAST，这就需要在本地建自己的BLAST库，并在本地做BLAST。NCBI提供BLAST的本地版，当前最新版本是2.2.28+， 包括源代码和多个平台的编译好的软件包，可以在
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载。
Windows下可下载win32版本，安装完后，打开“开始”→“运行”，输入“cmd”，点“确定”（图2-1）。
图2-1 运行命令行窗口
这时，便可以输入DOS命令
图2-2 DOS界面
常用DOS命令有：cd（改变当前目录）、mkdir（新建目录）、dir（列出当前目录内容）
8