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应用上要对模型进行能量最小化，得到最稳定构象，来消除不合理的构象。 Deep View 通过对 AMBER, CHARMm, GROMOS 程序递交能量最小化请求，进 行模型能量最小化。 具体操作如下： Select: Visible Groups Tools: Energy Minimization... 能量最小化后的构象 将能量最小化前、后的模型进行 magic fit,可看出构象的差异。 九．Using a Ramachandran Plot Ramachandran Plot(α-碳与酰胺平面交角图，拉氏构象图)，通过它可以了解相关 残基的 phi 和 psi 角的信息。通过拉氏图可获得的信息：(1)允许构象和不允许构 象。(2)蛋白质主链的优势构象。 理论上 phi,psi 这两个角度可以自由旋转，可实际上在某些特定的角度可能有空 间上的障碍，Ramachandran Plot 主要目的是显示哪些角度的组合是空间上所允 许的。这些在空间上允许出现的区域以蓝色与黄色等高线表示。若将已知的蛋白 质结构中α-螺旋的角度绘在图上， 大部分的点都出现在第三象限的黄色区域中； 而β-链的数据集中在第二象限的黄色区域中。 beta-strand 一方面显示这些结构都落在没有空间障碍的区域， 另一方面也显示这些结构是重 复的，一连串的氨基酸都有相似的结构，在这两种特别的二级结构中，任何 R基都不会碰撞在一起。 拉氏图中黄线封闭的区域是允许区， 这个区域内的任何成对二面角(φ,ψ)所规定 的构象都是立体化学所允许的。因为在构象中，非共价键合原子间的距离≥最小 接触距离，两者无斥力，构象能量最低，所以构象是稳定的。例如平行和反平行 β折叠片，胶原蛋白三股螺旋和右手α螺旋都位于允许区内。黄线外蓝线内的其 他区域为不完全允许
区(临界限制区)。这个区域内的任何二面角(φ,ψ)所规定的 主链构象虽是立体化学可允许的，但不够稳定，因为在此构象中非共价键合原子 之间的距离小于允许距离，但仍大于极限距离。蓝线外的区域是不允许区。该区 域内的任何二面角(φ,ψ)所规定的主链构象都是立体化学所不允许的， 因为在此 构象中非共价键合原子间的距离小于极限距离，斥力很大，构象能量很高，因此 这种构象极不稳定，不能存在，例如φ=180°ψ=0°的构象和φ=0°ψ=180° 的构象。 以 1t1k 为例，这个胰岛素突变体中有 3 个 helices，2 个 strands 。 打开 1t1k----select----all 然后 windows----show ramachandran plot, 再在 color 中选择 color by secondary structure succession。 如下图所示： 从图中可见，α-螺旋主要出现在第三象限，β-折叠主要出现在第二象限。 点击 ramachandran plot 使之激活，将鼠标移到图的一个点上，残基的名字和位置 就会显示在左上角。 中间的黄色区域内显示的点是 helices,左上侧的区域内显示的是 beta 构型的 strands。 当移动区域中的点时，蛋白结构中相应残基连接的结构也会发生移动。水平拖动 点时，改变的是 phi 角（(n-1)C-N-CA-C(n)）or CA-N,垂直拖动点时，改变的是 psi 角（N-CA-C(n)-N(n+1)）or CA-C。 水平拖动 Cys7
附录（一）分子表面的类型 (图片来源于 Swiss-PdbViewerManualv3.7)
附录（二）SPDB-V4.0 新增项目原文 This is version 4.0 http://spdbv.vital-it.ch/ NEWS FOR VERSION 4.