发布时间 : 星期四 文章天河二号简明使用手册V1.2 - 图文更新完毕开始阅读8bd7253b5ef7ba0d4b733b1c
天河二号简明使用手册
计算开始后，工作目录中会生成以slurm开头的.out 文件为输出文件。 更多选项，用户可以通过yhbatch --help命令查看。
5.5 结点资源抢占命令yhalloc
5.5.1 简介
该命令支持用户在提交作业前，抢占所需计算资源（此时开始计算所用机时）。
5.5.2 使用示例
yhalloc提交方式如下：
首先申请资源，执行如下命令：
通过yhq查看相应的jobID 为391753，结点为cn1483.
用户可以选择如下方式：
切换到cn1483结点，之后执行程序。
5.6 任务取消yhcancel
用户使用yhcancel命令取消自己的作业。命令格式如下： yhcancel jobid
jobid可通过yhq获得。对于排队作业，取消作业将简单地把作业标记为CANCELLED状态而结束作业。对于运行中或挂起的作业，取消作业将终止作业的所有作业步，包括批处理作业脚本，将作业标记为CANCELLED状态，并回收分配给作业的结点。一般地，批处理作业将会马上终止；交互作业的yhrun进程将会感知到任务的退出而终止；抢占结点资源的yhalloc进程不会自动退出，除非作业所执行的用户命令因作业或任务的结束而终止。但是在作业被取消时，控制进程都会发送通知消息给分配资源的yhrun或yhalloc进程。用户可以选择通过yhalloc的--kill-command选项设置在收到通知时向所执行的命令发送信号将其终止。
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6 常见上机问题（FAQ）
? VPN账号连接成功，但是终端工具连接不了天河二号。
若出现该现象，首先请查看您的电脑是否安装360卫士、安全卫士等软件，若安装了请先将软件关闭，再重新连接VPN；若上一步完成后仍无法连接，请ping 系统IP，查看丢包率，若丢包率很高则是您的网速导致，若丢包率低，则请联系中心相关人员排查。
? “ls”等访问文件夹操作很慢。
出现“ls”等访问文件夹操作慢的原因主要有3个：一是网络慢，网络时延大；二是有大量的IO操作正在进行，造成IO阻塞；三是该文件夹下的文件过多（有成千上万个文件）。若是原因一和二，通常等一段时间后即可恢复正常；若是原因三，则需用户将自己文件夹下的文件分开存放。
? 重新生成Private Key。
Private Key可以重新生成，用户在登录天河二号系统后，按照如下步骤操作 第一步： $ cd ~/.ssh $ tar cvf bak.tar * 第二步：
$ ssh-keygen -t rsa（一直输入回车） $ cd ~/.ssh
$ cp id_rsa.pub authorized_keys $ chmod 600 authorized_keys $ chmod 700 -R .ssh 第三步：
将id_rsa（Private Key linux系统版）的内容复制到本地的文本文件中，新建一个终端用此新文件用作Private Key文件登陆。若登陆成功则新的Private Key生成成功。若不成功，重复第二、三步操作。若多次操作不成功，请解压第一步中生成的压缩包（$ tar –xvf bak.tar），并使用旧Private Key登陆。
? 提交作业报“Invalid partition name specified”。
报该错时，建议用户先用“yhi”查看是否可以看见自己所在的分区。若无法看见分区，
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则是您的机时已到限制.。
? 提交作业报“Failed to allocate resources: User's group not permitted to use this
partition”。
用户提交作业时通常需要加“-p 分区名”这一参数，同时该参数应写在程序名前。分区可用“yhi”来查看所在分区。
? 采用yhrun提交作业，关闭界面后，再次登录时发现作业被killed。
yhrun是交互式提交作业模式，一旦作业提交的界面关闭作业就会被killed。若需要较长时间运行的作业，建议用户采用yhbatch批处理提交方式。yhbatch负责资源分配，yhbatch获取资源后会在获取资源的第一个结点运行提交的脚本，当前登陆shell断开后，加载作业仍可正常运行。
? 采用yhbatch提交多结点作业失败的原因。
采用yhbatch提交作业首先进行的是分配资源，因此对于多结点作业，采用yhbatch提交时应在提交命令中指定-N参数，即提交命令是“yhbatch –N nodenum –n pronum –p pardition job.sh”。
? 计算结点无法登陆。
目前我们对计算结点做了限制，除非用户分配了计算结点，否则无法登陆。用户若想登陆计算结点再算题，首先需要用yhalloc分配结点，方可登陆结点算题。
? yhalloc分配资源，退出yhalloc后发现作业断掉。
yhalloc与yhbatch最主要的区别是，yhalloc命令资源请求被满足时，直接在提交作业的结点执行相应任务，适合需要指定运行结点和其他资源限制，并有特定命令的作业。当当前登陆shell断开后，申请获得的资源以及加载作业任务会退出。
? 如果遇到一些作业报错，应该如何临时处理？
较为常见的报错如：“No enough endpoint resources”，“Job credential expired”，“bus error”，用户可以通过日志找到相关的报错结点，在提交作业命令中使用参数“-x 结点名称”剔除掉问题结点重新进行作业提交，如“-x cn1”表示在我申请的资源中不使用cn1这个结点。如遇到相关报错问题也希望您能及时与我们进行联系，并提供您的报错日志信息，以便我们进行有效的分析和处理。
? 如果遇到一些作业运行时报库无法找到，如何处理？
用户可通过locate命令查找相应的库，并将在/HOME或/WORK目录下的对应的库路径加入环境变量PATH中。
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? 天河二号作业提交模式。
目前天河二号系统采用独占式作业提交模式，即作业一旦提交到计算结点，则该结点被您独占使用。也就是说，一旦作业提交到计算结点，即使该结点的CPU核没有用满，其他的作业也无法再提交上去。
? 作业退出后仍显示CG状态，是否影响作业退出？
CG状态是作业退出时，部分结点上的进程没有完全停止导致，并不影响作业的正常退出。
? 作业完成退出时显示部分进程被killed，然后退出。
这种情况下，用户首先应检查所需的输出是否已正常输出完成。导致这种情况出现的原因是有部分进程先完成了计算而提前结束，而当一个作业的部分进程结束，系统默认为作业已完成，在一定时间内其他进程若不结束，则会被强制结束。
? /tmp文件夹无法写问题。
由于/tmp文件夹不能自动删除文件，为/tmp文件夹写入的文件过多而导致内存减小，从而影响作业运行效率，我们对/tmp文件夹的权限进行了限制，普通用户没有写的权限，建议用户重新指定临时文件存储路径。若用户的作业一定要用到/tmp文件夹，请与中心相关人员联系。 同时，无需使用/tmp文件夹的用户提交作业，发现log中输出了“TMPDIR [/tmp] is not writeable”和“Setting TMPDIR to /tmp”两句话，也请不用担心，这不影响作业的正常运行。
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