发布时间 : 星期四 文章NAMD入门教程（三）更新完毕开始阅读9101ad4cf7ec4afe04a1dfc0
注意nx，ny，nz 三个参数就是我们在4.2.2一节求出的矢量的坐标（0.3671,0.3783,0.8498）。设定好之后图形窗口显示一个极度变形的分子。不过没有关系，这是因为VMD将我们设定的拉力坐标按照原子的坐标显示出来了。
图 设定好拉力坐标后图形窗口显示的分子 5、下面在tk中首先使用cd命令改变当前目录到common目录下，然后输入$allatoms writepdb ubq_ww_eq2.ref 保存我们的设定。然后打开Windows资源管理器，找到common目录下，检查一下是否已经有ubq_ww_eq2.ref文件？如果有了，就可以关闭VMD。
4.3.2 配置文件
和上一节我们进行的过程一样，我们还需要修改样本配置文件sample.conf，制作我们需要的配置文件。首先打开资源管理器，将common目录下的sample.conf拷贝到3-2-pullcf目录下，并改名为ubq_ww_pcf.conf，然后用写字板打开该文件开始编辑：
3、在Job Description 一栏加入:
# N- C- Termini Constant Force Pulling
当然这只是一个注释，不加也不会影响我们的动力学模拟。
4、在Adjustable Parameters 一部分进行如下改变，以符合我们本次动力学模拟的实际条件：
structure mypsf.psf → structure ../common/ubq.psf
coordinates mypdb.pdb → coordinates ../common/ubq_ww_eq.pdb outputName myoutput → outputName ubq_ww_pcf 以上各项的含义参见2.3.1 配置文件 5、在Input一部分进行如下改变，以符合我们本次动力学模拟的实际条件：
parameters par_all27_prot_lipid.inp
→ parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp
同上一节，我们不需要设置Periodic Boundary Conditions一部分。此外Force-Field Parameters,Integrator Parameters和PME三项也不需改变。
6、同上一节，Constant Temperature Control 一项应该关闭，因为温度控制可能干扰原子的运动：
langevin on → langevin off
7、Constant Pressure Control不需要进行改变，默认是不启用。 8、Fixed Atoms Constraint 需要启用。请对前两行作出如下改变： if {0} { → if {1} {
fixedAtomsFile myfixedatoms.pdb → fixedAtomsFile ../common/ubq ww eq2.ref
9、IMD Settings 一项不需要改变，默认是不启用 10、在Extra Parameters 一部分输入以下内容： constantforce yes
consforcefile ../common/ubq_ww_eq2.ref
上面的内容的作用是：通知NAMD我们将对SMD原子施加一个恒定的拉力。拉力的大
小就是Occupancy一栏我们设定的值11.54 kcal/mol/A。拉力的方向不需要在此指定，因为我们刚才已经记录到了ubq_ww_eq2.ref文件中。
11、最后，在Execution Script部分将动力学模拟时间改为20000步，相当于40ps： run 50000 → run 20000
然后保存文件，关闭写字板。我们已经完成了配置文件的设定。 4.3.3 动力学模拟
下面我们可以进行动力学模拟了。为了保证模拟正常进行，请确认3-2-pullcf目录下是否有文件ubq_ww_pcf.conf，并确认common目录下有以下文件：
? ubq.psf
? ubq_ww_eq.pdb ? ubq_ww_eq2.ref ? par_all27_prot_lipid.inp
下面，打开terminal，使用cd命令改变当前目录到namd-tutorial/namd目录下（即NAMD所在目录），然后输入：
namd2 ../3-2-pullcf/ubq_ww_pcf.conf > ../3-2-pullcf/ubq_ww_pcf.log 实测：CPU：Pentium M740 1.73GHz，内存：512M 可以在10min之内完成。 4.4 结果分析
4.4.1 恒速拉伸SMD结果分析
我们将在本节中分析恒速拉伸SMD的结果。如果读者没有成功完成动力学模拟，可以使用3-1-pullcv/example-output中的结果文件。
4.4.1.1 日志文件
首先我们看一下输出的日志文件。打开写字板，找到日志文件3-1-pullcv/ubq_ww_pcv.log打开它。向下拖动滚动条，是否发现比我们第一次动力学模拟的日志文件多了一些内容？读者可以找到1-2-sphere/ubq_ws_eq.log对照一下增加的内容（图）。
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图 输出文件中新增的内容 可以看到，在每次输出ENERGY之后，紧接着增加了以SMD开头的几行文字（图），这是NAMD输出的关于SMD原子（即我们定义的第76氨基酸的α碳）的数据。图中（1）记录的是步数，（2）记录的是输出时SMD原子的坐标，（3）记录的是输出时SMD原子所受拉力的大小（x,y,z三个方向上的分力）。
4.4.1.2 轨迹动画
下面我们将看一看动力学模拟生成的原子运动轨迹，直观地感受一下泛素肽链是如何被拉力拉开的。
1、打开VMD，选择File →New Molecule 菜单项，单击按钮Browse找到common目录下的ubq.psf，载入该文件；不要关闭Molecule File Browser窗口，注意Load file for 一项应当显示0:ubq.psf。再次单击Browse按钮，载入3-1-pullcv目录下的轨迹文件ubq_ww_pcv.dcd。关闭Molecule File Browse窗口，在VMD图形窗口中应当可以看到泛素分子。
2、为了更形象的观察蛋白质分子的变化，我们需要改变一下显示模式。选择Graphics→Representation菜单项，打开显示模式设置，将Drawing Method一项由Lines改为Cartoon（图）以便直观地观察到二级结构的变化。然后调节主窗口右下角的速度滑块至中央，单击最右边的播放按钮，就可以看到整个过程的动画了：