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2005-9-24 6:58:00
用户可以利用“Phylogeny | Construct Phylogeny” 来建立Neighbor Joining、Minimum Evolution 、Maximum Parsimony 和UPGMA 等各种不同类型的系统发育树。
用户可以通过“Phylogeny | Display Newick Trees from File” 来显示任何以Newick 格式编 写的系统树，并在窗口中进行各种编辑和调整。
1. NJ/UPGMA 方法
该选项下有三个主要对话框：Phylogeny Test and Options （选择不同的系统发育树稳定 性检验方法，并进行相应设置）、Include Sites 和Substitution Model 。
2. 最小演化法
与NJ 法相比，最小演化法在类群较少、序列较长时效果要好；但是当类群数增大时， 最小演化运算相当费时。MEGA 通过“近邻交换（close-neighbor-interchange，CNI）”搜索检
测NJ 树，从而找到潜在的ME 树。近邻交换（close-neighbor-interchange，CNI）通过降低 获得第一个临时树所需时间来达到省时的目的；譬如，ME 树搜索可以从一棵NJ 树开始（结 合NJ 和MP 的长处）。
该选项下有三个主要对话框：Tree Inference （包含Phylogeny Test and Options 和Search Options）、Include Sites 和Substitution Model 。
3. 最大简约法（Maximum Parsimony Method）
最大简约法分析通常采用“分支—边界算法（branch-and-bound algorithm）”来保证用非 穷尽搜索来找到MP 树，MEGA 的简约分析采用“最大—最小分支—边界（Max-mini branch-and-bound）”搜索。
MEGA 进行MP 运算时不对gaps 进行分析，但是可以有两种不同的处理方式；在MEGA3 中，gaps 和missing data 在两种处理下均不计入树长。
MP 分析中包含三个主要对话框：Phylogeny Test and Options 、Search Options （可选择 Max-mini branch-and-bound 搜索，或启发式搜索；启发式搜索的起始树可以通过Min-mini algorithm 或random addition option 来获得）和Include Sites 。
MP 分析中产生多个相当的最简约树时，可以设置显示“严格一致树（strict consensus）” 或“主要一致树（Majority-Rule consensus）”。
十六、所得系统树的统计检验
我们通常可以用两种方法对获得的系统树的稳定性进行检验，一种是检验该树与相关树 之间的拓扑差异（如最小演化法中的全部支长之和，以及检验内部支长是否显著大于0）， 另一种是在重新抽样的基础上检验某种树出现的频率（即自展检验）。
在系统发育分析中，当某些分支的统计支持率低于某一值时系统树将呈现多分支状，我 们将这种树称为密集树（condensed tree）。
MEGA3 用户可以用“Phylogeny | Interior Branch Test of Phylogeny” 选项建立基于自展过 程的t-test，对NJ、ME 等树的内部分支长和标准误进行检验。
用户选择“Phylogeny | Construct Phylogeny | Neighbor-Joining” 可以建立NJ 树；实质上， NJ 法是ME 法的一种简单化方法。
“Phylogeny | Bootstrap Test of Phylogeny” 用于进行系统发育的自展检验，可用由
Neighbor Joining、Minimum Evolution 、Maximum Parsimony 和UPGMA 等方法建立的系统
发育关系；对这些系统树进行检验可在“Analysis Preferences” 中设置。
十七、检视（Viewing ）和结果输出
Distance Matrix Explorer
Average Menu (in Distance Matrix Explorer)
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Display Menu (in Distance Matrix Explorer) File Menu (in Distance Matrix Explorer) Tree Explorer
十八、MEGA3 功能演示
本部分将介绍一些MEGA 使用事例，所需数据文件见EXAMPLES 文件夹（通常位于
C:\\Program Files\\MEGA3\\Examples）。 演示内容 1. 序列比对 2. 演化距离估计 3. 建立系统树
4. 系统树可靠性检验 5. 基因和域的设定 6. 选择压检验 7. 序列分群 8. 序列统计
9. 由距离数据建立的系统树 1. 建立多序列比对
（注：相对于独立的Clustal 程序而言，用MEGA 内嵌程序进行序列比对时，对出入数 据的格式要求显得过去苛刻；譬如，比对时无法处理序列中碱基间的空格。用户进行比对时 需要仔细对比事例文件中的数据格式。）
在本部分，我们将用不同方法将蛋白质序列数据输入比对编辑框，并建立比对。 Ex 1.0.1：启动MEGA3。 Ex 1.0.2：选择“Alignment | Alignment Explorer/CLUSTAL” 菜单，启动Alignment Explorer 。 进行序列比对要依下列步骤进行：
Ex 1.1.1 ：选择“Data | Open | Retrieve Sequences From” ，打开未经比对的演示序列文件
hsp20.fas 。
Ex 1.1.2：使用“Edit | Select All” 菜单选定所有为点。 Ex 1.1.3：选择“Alignment | Align by ClustalW” 菜单，对选定序列进行ClustalW 算法比对。 Ex 1.1.4：选择“Data | Export | Save” 菜单，保存当前比对进程。
Ex 1.1.5：选择“Data | Exit Alignment Explorer” ，退出比对。此时会出现提示保存信息，
选择保存，将文件命名为“hsp20_aligned.meg” 、以“HSP 20 Aligned by MEGA3” 为标题；此后
将会出现序列数据是否为蛋白编码数据，点击确认后将提示是否在MEGA 中打开该数据， 再次确认。
下面，我们将演示如何将网络数据添加到比对浏览器中
Ex 1.2.1：当前比对浏览器中存在序列时选择“Data | Create New” 建立新的比对，并确认
随后出现的提示信息。
Ex 1.2.2：选择“Web | Query Gene Banks” ，启动网页浏览器。
Ex 1.2.3：当“NCBI Entrez” 站点打开后选择核苷或蛋白质数据库，输入关键词后点击
“GO”。
Ex 1.2.4：在搜索结果中确定目的项目，并以序列形式呈现。 Ex 1.2.5：选择“Add to Alignment” 将序列发送到比对中。 用户还可以用“Viewer/Editor” 将序列直接送入比对浏览器。
2. 由核苷序列估计演化距离 - 14 -