发布时间 : 星期二 文章MEGA3 指南更新完毕开始阅读91c75daeddccda38366bafb6
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Ex 5.1.2 ：用鼠标右键点击目标数据域（Data domain），选择“Delete Gene/Domain” 删除 该域。
Ex 5.1.3：用鼠标右键点击“Names” 栏中的“Genes/Domains” 条目，添加新的域；用鼠标
右键点击新域，选择“Edit Name” ，并命名为“Exon1” 。
Ex 5.1.4：在“From” 列问号（？）标记处为该域设置第一个位点；在位点选择窗口中选 择1 号位点，点击“点击”按钮。
Ex 5.1.5：在“To” 列为该域设置最后一个位点；在位点选择窗口中选择3918 号位点，点 击“点击”按钮。
Ex 5.1.6：标记“Coding” 列的空白方框，表明该域编码蛋白。
Ex 5.1.7：添加另外两个Genes/Domains 条目；一个命名为“Intron1”，开始于3919 位点， 结束于5191 位点；另一个命名为“Exon2” ，开始于5192 位点，结束于8421 位点，并对该域
的“Coding” 进行标记。
Ex 5.1.8：右击“Genes/Domains” ，选择“Insert New Gene”。将新条目名称改为“Predicted Gene”；将所有域点击并拖动（click-and-drag ）到该新基因下，使它们成为“Predicted Gene” 条目下的子项（children）。
Ex 5.1.9：点击“Close” 按钮，退出“Gene/Domain” 设定窗口。
现在我们就可以在计算配对（pairwise ）距离时用这些域定义进行限制性分析了。
Ex 5.2.1：选择“Distances | Compute Pairwise” ，并确定状态为核苷模式（Nucleotide model）。
Ex 5.2.2：确定“Include Sites” 栏目下“Noncoding sites” 选项未选择。回到主菜单开始运算。
Ex 5.2.3 ：运算完成后“Distance Explore” 将显示仅用“Predicted Gene” 中的外显子域 （exonic domains ）数据获得的配对距离。
6. 正选择检验
在这一部分我们将以人的HLA-A 位点五个等位基因蛋白编码核苷序列为例(Nei and Hughes 1991) ，来呈现各种分析方法。
Ex 6.0.1：启动MEGA3。
Ex 6.1.1：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活HLA_3Seq.meg 文件。
Ex 6.1.2 ：文件激活后，底部状态栏将显示文件的各种详细信息，主菜单栏上将显示更 多的功能菜单。
我们将通过比较同义和非同义距离，来研究这组抗原识别位点的正达尔文选择。
Ex 6.2.1 ：选择“Selection | Codon-based Z-Test” ，在分析参考对话框的“Model” 下拉菜单
中选择“Syn-Nonsysnonymous | Nei-Gojobori Method | p-distance” ，在“Hypothesis to test” 下拉
菜单中选“Positive selection （dN > dS）”，在“Analysis Scope”下拉菜单中选择“Overall Average” ，在“Gaps/Missing Data”下拉菜单中选“Pairwise Deletion” ；设置完成后开始运算。
Ex 6.2.2：运算过程中将显示进程；结果在新窗口中显示。 Ex 6.2.3：“Prob” 栏为计算得到的概率（若要在5%水平上排除假设，该项值必须<0.05）， “Stat” 栏为计算概率的统计值（statistic）。 Ex 6.2.4：退出MEGA。
7. 对类群分群
Ex 7.0.1：启动MEGA3。
Ex 7.0.2：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活Crab_rRNA.meg 文件。 下面我们将演示如何将类群化为不同的群。
Ex 7.1.2：选择“Data |Setup / Select Taxa & Groups” 。
Ex 7.1.3：点击对话框底部的“New Group” 按钮，添加一个新群，并命名为“Pagurus” 。 - 17 -
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Ex 7.1.4 ：按住键盘上的“Ctrl”键，选择“Ungrouped Taxa” 栏目下所有Pagurus 物种；点
击中间框上的左向箭头指示（此时“Taxa/Groups” 栏中的新建群——即Pagurus——应该程序
选中状态），将所选类群添加到新建立的群中。
Ex 7.1.5 ：选中“Taxa/Groups” 栏目下的“All” ，点击该栏目下的“New Group” 按钮来建立
第二个新群——“Non-Pagurus” ；将剩余所有类群添加到该新群中，点击“Close” 按钮。
Ex 7.1.6 ：现在群已经建立，用户可以用“Distance” 菜单中的“Compute Within Group Mean” 、“Compute Between Group Means” 、“Compute Net Between Group Means” 等按钮分析 数据。
8. 核苷序列统计属性计算
在这一部分我们将演示如何利用“Data Explorer” 来计算核苷序列的各种统计量。此外， 我们还将介绍常用命令的快捷方法、获得在线帮助的方法、以及如何区分已激活的和未激活 的命令。
Ex 8.0.1：启动MEGA3。
下面我们将用内嵌的文本编辑（Text Editor ）功能来检查Drosophila_Adh.meg 文件的内 容。
Ex 8.1.1 ：激活“File” 菜单下的文本编辑器（text editor ），在文本编辑器中打开 Drosophila_Adh.meg 文件。
Ex 8.1.2：检查Drosophila_Adh.meg 文件中#mega format specifier 、title 、OTU 名和交叉 排列的序列数据。
Ex 8.1.3 ：我们建议在进行数据分析之前应该退出文本编辑器。在关闭文本编辑器时， 若提示保存，则选“No” 。
下面我们将激活Drosophila_Adh.meg 文件，研究其统计属性。
Ex 8.2.1：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活Drosophila_Adh.meg 文件。
文件激活后，“Data” 、“Distances” 和“Tests” 等功能可用。下面我们将用“Data Explorer” 来计算一些基本统计数值。
Ex 8.3.1：选择“Data | Data Explorer” 。
Ex 8.3.2：“Data Explorer” 左下角显示光标位置信息。
Ex 8.3.3：在“Highlight | Variable Sites” 或工具栏可以对位点进行高亮（Highlight）标识。
Ex 8.3.4：选择“Statistics | Nucleotide Composition” 来计算核苷碱基频率，结果将在内嵌 的文本编辑器中显示。
Ex 8.3.5：选择“Statistics | Codon Usage” 来计算密码子使用，结果将在内嵌的文本编辑器 中显示。
Ex 8.3.6 ：选择“Statistics | Nucleotide Pair Frequencies | Directional” 或“Statistics |
Nucleotide Pair Frequencies | Unidirectional” 可计算核苷配对频率，结果将在内嵌的文本编辑
器中显示。
Ex 8.3.8：选择“Data | Translate / Untranslate” 可实现氨基酸序列与核苷序列之间的相互转 换。
Ex 8.3.9：选择“Statistics | Amino Acid Composition” 可计算氨基酸组成。 Ex 8.3.10 ：关闭MEGA。
9. 用距离数据构建系统树
在这一部分我们将演示在只读模式下打开文件，并用激活的距离数据构建系统树。 Ex 9.1.1：启动MEGA3。
在下面的例子中我们将使用Hum_Dist.meg 文件；我们会用内嵌的文本编辑器打开该文 件进行检查，但不进行编辑。
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Ex 9.2.1 ：激活“File” 菜单下的文本编辑器（text editor ），在文本编辑器中打开 Hum_Dist.meg 文件。
Ex 9.2.2 ：检查Hum_Dist.meg 文件中#mega format specifier 、title 、OTU 名和交叉排列 的序列数据。
Ex 9.2.3 ：我们建议在进行数据分析之前应该退出文本编辑器。在关闭文本编辑器时， 若提示保存，则选“No” 。
下面我们将在MEGA 中激活Hum_Dist.meg 文件，并利用该距离数据构建系统树。
Ex 9.3.1：在File 中（或用“Click me to active a data file” ）激活Hum_Dist.meg 文件。
Ex 9.3.2：在“Phylogeny” 中选择“Neighbor-joining” ，并开始运算。
Ex 9.3.3：生成的NJ 树将在“Tree Explorer” 中显示。
Ex 9.3.4：关闭数据，退出MEGA。 注：
hsp20.fas 用于演示对序列比对，Drosophila_Adh.meg 用于演示“由核苷序列估计演化距 离”、“核苷序列统计属性计算”，Crab_rRNA.meg 用于演示“系统树建立”、“对类群分群”， Chloroplast_Martin.meg 用于演示“检验获得的系统树的可靠性”，Contigs.meg 用于演示“基 因和域的操作和分析”，HLA_3Seq.meg 用于演示“正选择检验”，Hum_Dist.meg 用于演示 “用距离数据构建系统树”。
hsp20.fas 文件是一个含有四条序列的FASTA 序列文件。Drosophila_Adh.meg 是一个经 过比对的含有11 条编码DNA 序列的MEGA 文件，并进行了基因注释，序列以隔行形式排
列。Crab_rRNA.meg 是一个经过比对的含有13 条编码DNA 序列的MEGA 文件。
Chloroplast_Martin.meg 含有10 条经过比对的叶绿体蛋白质序列；每条序列均由多个蛋白质
序列组成，并进行了基因注释；序列以隔行形式排列。Contigs.meg 文件是一个含有两条经 过比对的蛋白编码DNA 序列的MEGA 文件。HLA_3Seq.meg 是一个进行了域注释和位点标
记的MEGA 文件，其中含有三条经过比对的编码DNA 序列。Hum_Dist.meg 是一个含有15
个类群的距离矩阵数据文件。
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