发布时间 : 星期一 文章HiSeq 数据上传流程 - 图文更新完毕开始阅读a1bcedc4e45c3b3566ec8b64
NCBI-SRA数据提交流程
2015.7.27
提交数据数据基本流程：1，注册NCBI账号；2，登陆提交界
面后，我们需要获取BioSample ID；3，然后在获得BioProject ID；4，BioProject 和 BioSample 创建完成后，再到SRA 的网页，点击“Create new Submission”，并完成信息填写；5，完成4步骤后，网页上NCBI会给出一个登陆FTP的账号和网址链接；6，登陆后用账号可直接上传（复制粘贴），或用软件FileZilla上传；7，上传后会生成相应的编号，供发文章使用。（上传数据请理清思路）
附：上传的数据格式是根据测序平台不同而不同，文件格式（Illumina_native、bam、fastq、srf)都可以的。创建好后，NCBI会提供数据上传的FTP的账号，压缩后上传到FTP。至于文章中的sra格式，是我们将数据上传后，NCBI数据库压缩的的格式。
整理数据、生成MD5校验
(a) 交付的结果中，raw reads或clean reads序列文件（*.fq.gz）是可以直接提交SRA的数据。在交付结果中找到对应文件，无需解压，即可直接上传。 (b) 如果数据交付时您有保留有对应文件的MD5校验和的话可以直接使用。如果没有保存MD5码可上网下载任意的MD5校验工具，重新生成一下MD5值。 (c) 一定要明白该数据的测序策略，不同的测序方法，数据的格式和填写的类容是不一样的，这需要先了解好，生物信息学知识百度提前补。
1、 注册NCBI账号
登入NCBI主页右上角Sign in to ncbi注册（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）
NCBI主页
2、 开始注册：
1， BioSample的注册
登陆后：进入提交界面，点击提交Submit（https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/）
点击New submission后按照提示填写完相应的信息，成功后会生成BioSample号。
2，BioProjiect的注册
点击New submission后按照提示填写完相应的信息，成功后会生成BioSample号。
按照提示填写
2， SRA的注册，关联BioSample,BioProjiect（https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/） 在返回到NCBI主页中点击submit后界面如下