发布时间 : 星期五 文章蛋白质分子设计更新完毕开始阅读d976f704cc1755270722088f
蛋白质的分子设计就是为有目的的蛋白质工程改造提供设计方案。虽然经过漫长岁月的进化，自然界已经筛选出了数量众多、种类各异的蛋白质，但天然蛋白质只是在自然条件下才能起到最佳功能，在人造条件下往往就不行，例如工业生产中常见的高温高压条件。因而需要对蛋白质进行改造，使其能够在特定条件下起到特定的功能。蛋白质的分子设计又可按照改造部位的多寡分为三类：第一类为“小改”，可通过定位突变或化学修饰来实现；第二类为“中改”，对来源于不同蛋白的结构域进行拼接组装；第三类为“大改”，即完全从头设计全新的蛋白质（de novo design）。有关全新蛋白质设计的内容请参见文献，本文不赘述。
常见的蛋白质工程改造包括提高蛋白的热、酸稳定性，增加活性，降低副作用，提高专一性以及通过蛋白质工程手段进行结构-功能关系研究等。由于对蛋白质结构-功能关系的了解不够深入，成功的实例还不很多，因此更需要在蛋白质分子设计的方法学上开展深入研究。
蛋白质的分子设计可分为两个层次，一种是在已知立体结构基础上所进行的直接将立体结构信息与蛋白质的功能相关联的高层次的设计工作，另一种是在未知立体结构的情形下借助于一级结构的序列信息及生物化学性质所进行的分子设计工作。此处只探讨第一类分子设计，因为在利用三级结构信息的同时也运用了一级结构序列及有关生化信息，第一类的分子设计工作实际上已包含了第二类工作，而后者实际上是在不得已的情形下所进行的努力。
蛋白质分子设计的过程简单说来就是首先建立所研究对象的结构模型，在此基础上进行结构-功能关系研究，然后提出设计方案，通过实验验证后进一步修正设计，往往需要几次循环才能达到目的。一般的分子设计工作可以按以下五个步骤进行：
（1）建立所研究蛋白质的结构模型，可以通过X射线晶体学、二维核磁共振等测定结构，也可以根据类似物的结构或其他结构预测方法建立起结构模型。
（2）找出对所要求的性质有重要影响的位置。同一家族中的蛋白质的序列对比、分析往往是一种有效的途径。需要认真考虑此种性质受哪些因素的影响，然后逐一对各因素进行分析，找出重要位点，这是分子设计工作的关键。
（3）选择一系列的在（2）中所选出位点上改变残基所得到的突变体，一方面使蛋
白质可能具有所要求的性质，另一方面又尽量维持原有结构，使其不做大的变动。尽量在同源结构中此位点已有的氨基酸残基序列中进行选择，同时考虑残基的体积、疏水性等性质的变化所带来的影响。
（4）预测突变体的结构。
（5）定性或定量计算优化所得到的突变体结构是否具有所要求的性质。能否成功地进行分子设计，除了要求有好的计算机软件和高质量的力场以外，还要求工作者有一个坚实的结构化学和物理化学基础，同时对所研究的问题有一个深入细致的了解。
要 蛋白质工程是生物技术专业的一门专业课，是四大生物工程之一。蛋白质分子设计贯穿于蛋白质工程的整个过程，是蛋白质工程的重要组成部分和中心环节。蛋白质分子设计是理论和实验并重并交叉进行的循环。本文在简要介绍蛋
白质分子设计理念和分类的基础上，以Paracelsus挑战为范例，对蛋白质分子设计原则、方法和过程进行了初步的论述。
关键词 蛋白质工程 蛋白质分子设计 Paracelsus挑战
中图分类号：G642.3 文献标识码：A文章编号：1818-6539（2009）07-（0050）-（03）
蛋白质是一切生命的物质基础，是机体细胞的重要组成部分。经过漫长岁月的进化，自然界已经筛选出了数量众多、种类各异的蛋白质，但天然蛋白质只是在适宜的生理条件下才能很好的发挥功能，在其他条件下，例如工业生产中常见的高温高压条件，往往不能正常发挥功能。因而需要对蛋白质进行改造，使其能够在特定条件下发挥功能。定点突变和PCR技术的发展使这种改造成为可能。20世纪80年代初，蛋白质工程和蛋白质分子设计应运而生。蛋白质工程是以结构生物学与生物信息学为基础，以创造性能更适用的蛋白质分子为目的，以基因重组技术为主要手段，对天然蛋白质分子进行设计和改造[1]。蛋白质分子设计则是指从头设计新的蛋白质分子或者在蛋白质已知结构的基础上通过适宜的改变来制备新的蛋白质分子。蛋白质的分子设计可分为两个层次：一种是在已知立体结构基础上所进行的直接将立体结构信息与蛋白质的功能相关联的高层次的设计工作；另一种是在未知立体结构的情形下借助于一级结构的序列信息及生物化学性质所进行的分子设计工作。蛋白质的分子设计又可按照改造部位的多寡分为三类：第一类为“小改”，即对已知结构的蛋白质进行少数几个残基的修饰、替换或删除等，可通过定位突变或化学修饰来实现；第二类为“中改”，对来源于不同蛋白的结构域进行裁剪拼接组装；第三类为“大改”，即完全从头设计全新的蛋白质（de novo design）[2]。
蛋白质分子设计的过程简单说来就是首先建立所研究对象的结构模型，在此基础上进行结构-功能关系研究，然后提出设计方案，通过实验验证后进一步修正设计，往往需要几次循环才能达到目的。所以蛋白质分子设计是在计算机模拟的基础上构建突变基因，进而获得突变蛋白质产品，然后进行功能验证。没有
达到目标就再次循环。因此蛋白质分子设计是理论和实验并重并交叉进行的循环。
常见的蛋白质工程改造包括提高蛋白的热、酸稳定性，增加活性，降低副作用，提高专一性以及通过蛋白质工程手段进行结构-功能关系研究等。由于对蛋白质结构-功能关系的了解不够深入，成功的实例还不是很多，因此更需要在蛋白质分子设计的方法学上开展深入研究。
1994年，Rose在protein folding: predicting predicting这一篇展望中预测在下一个10年内可以解决通过蛋白质一级序列预测蛋白质三维结构的结论[3]。虽然这个结论并没有实现，可是他在这篇展望中提出的一个挑战却引起了关注并很快被完成[4]。这就是以16世纪瑞士名医Paracelsus（帕拉切尔苏斯）命名的Paracelsus挑战。
帕拉切尔苏斯（1493～1541），原名菲利普斯·奥雷奥卢斯·特奥夫拉斯图斯·邦巴斯特·冯·霍恩海姆（Philippus Aureolus Bombastus von Hohenheim），16世纪瑞士有名的医学家，他自己取名帕拉切尔苏斯（意为赛过1世纪罗马名医切尔苏斯）。发现并使用多种新药，促进了药物化学的发展。他对现代医学，尤其是精神病治疗的兴起都做出了贡献，提出了剂量决定是否为毒药的著名理论。
同源蛋白质或者具有相似氨基酸组成和序列长度的蛋白质一般具有相似的空间结构。但是却有一些具有相似氨基酸组成和序列长度的蛋白质具有不同的折叠结构—如核酸酶和溶菌酶。所以通过选择改变少部分适宜残基的途径改变蛋白质的构象。Paracelsus挑战的内容就是要求在不改变一个球蛋白50%序列的前提下把其从一种构象转换为另一种构象[3]。因帕拉塞尔苏斯曾经说过：所有的物质都是毒药，所有的物质都不是毒药，唯一的区别是它们的剂量（All substances are poisons:there is none which is not a poison. The right dose differentiates a poison and a remedy）。所以这个挑战命名为Paracelsus挑战。