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生物信息学基础三百问
一、引言 （Basic knowledge）
1、 什么是生物信息学？
2、 生物信息学的目的意义有哪些？ 3、 生物信息学研究的对象是什么？ 4、 生物信息学的研究内容有哪些？ 5、 生物信息学研究的基本方法有哪些？ 6、 生物信息学的英译名是什么？如何而来？ 7、 生物信息学发展历程中主要有哪些事件？ 8、 何谓生物信息学算法？
9、 主要有哪些生物信息学算法？
10、生物信息学与其他生物学学科有何关系？ 11、学好生物信息学为什么还要学习分子生物学？ 12、能否将生物信息学研究和学习分为几个层面？ 13、本书生物信息学基础指的是什么？
14、我为什么要学习生物信息学？
15、不会生物信息学算法，能否使用多数生物信息学工具？ 16、不会计算机编程，能否开展网上资源的数据挖掘？
二、生物信息数据库（Databases）
1、 什么是生物信息学数据库？
2、 主要生物信息学综合数据库有哪些？
3、 何谓NCBI？它提供了哪些数据库资源和系统？ 4、 何谓一级二级数据库？ 5、 核酸数据库有哪些？
6、 核酸数据库常见格式有哪些？ 7、 DNA参数数据库有哪些？
8、 人类基因组序列综合数据库有哪些？ 9、 模式生物基因组数据库有哪些？ 10、动物基因组数据库主要有哪些？
11、植物基因组数据库主要有哪些？
12、基因突变与遗传病相关的数据库有哪些？ 13、微生物基因组综合信息数据库有哪些？ 14、基因组信息数据库有哪些？
15、比较基因组学数据库主要有哪些？ 16、重复序列数据库有哪些？
17、转录因子与调控元件数据库有哪些？
18、基因表达数据库主要有哪些？ 19、RNA数据库有哪些？
20、蛋白质综合数据有主要哪些？ 21、何谓蛋白质知识库？
22、何谓蛋白质参考子集库？ 23、何谓蛋白质文档库？
24、蛋白质组学数据库有哪些？
25、结构数据库有哪些？
26、序列模体（motif，也译为基序）数据库有哪些？ 27、什么是蛋白质功能点数据库？ 28、蛋白质分子模型数据库主要有哪些？ 29、蛋白质结构与功能关系分类数据库有哪些？ 30、直系同源聚类数据库有哪些？ 31、GO数据库的主要功能有哪些？ 32、BLOCKS数据库的主要功能有哪些？ 33、SMART数据库的主要功能有哪些？ 34、PDB数据库的主要功能有哪些？
35、SWISS-PROT数据库的主要功能有哪些？ 36、蛋白质家族数据库有哪些？ 37、有关酶的数据库有哪些？ 38、代谢途径数据库有哪些？
39、大分子相互作用数据库有哪些？
40、植物病原细菌功能基因组学数据库有哪些？ 41、宏基因组学数据库有哪些？ 42、转基因生物数据库有哪些？ 43、农作物基因组数据库有哪些？ 44、禽畜基因组数据库有哪些？
45、细胞器生物信息数据库和资源有哪些？
三、网络资源检索（information retrieval）
1、 网络生物信息的挖掘主要有哪些方法？ 2、 什么是信息检索？
3、 信息检索常用的策略有哪些？
4、 NCBI数据库中主要的数据检索系统是哪个？
5、 学好NCBI对我们有什么好处？（陈国利）为什么说NCBI对于生命科学研究者来说具
有十分重要的意义？（密克） 6、 EntreZ系统检索规则有哪些？
7、 简介检索策略表达式的建立与编辑。 8、 Pubmed有哪些特色菜单？ 9、 何谓命令式检索？
10、生物信息数据的存储格式有哪些？ 11、请详细注释GenBank数据格式。
12、简要介绍生物大分子结构数据存储格式。
13、向GenBank数据递交核酸序列有哪些方法？
14、如何进行数据库更新？（米塞诺P270）？
15、假设有几千个独立的研究人员向GenBank中提交数据，在GenBank中如何进行数据质
量控制？（乔纳森P33）
16、EMBL-EBI里面的SRS平台如何使用？（陈琦）
17、FTP协议下载数据以及软件安装具体是如何操作的？（梁照东李磊） 18、如何与EBI进行联系（米塞诺P282）？
19、分析蛋白质的数据库除了Expasy外还有什么数据库？有什么特点？（陈琦） 20、如何进行物种检索？
21、水稻的蛋白质中有哪些超过了300000Da？（乔纳森p33） 22、有哪些获取DNA和蛋白质序列的方法？（乔纳森p23） 23、什么是识别序列的标签？（乔纳森p22）
24、索引号码有哪些类型？
25、MyNCBI如何进行注册？（梁照东李磊）MyNCBI有何功能用途？（密克） 26、如何从NCBI下载一个物种的全基因组序列？（杨丽超） 27、如何在NCBI中进行文献检索？（韦缘）
28、向NCBI提交序列可不可以是一部分的cDNA序列？（刘兴艳张建玲） 29、如何利用NCBI 查找一个新基因的序列？（刘兴艳张建玲）
30、如何在NCBI上搜索某个物种β球蛋白基因的第一个外显子序列？（刘兴艳张建玲） 31、如何将基因序列上传至NCBI？（覃振萍）如何向NCBI提交序列？（吴三民） 32、我有软件设计了几对引物,一些文献说最后很需要在NCBI上的BLAST比对，我不清楚为什么？比对完后，我又如何确定哪对引物是否合适？（吴帆） 33、在PubMed 与PMC中，如何准确查询文献？（梁照东李磊） 34、在NCBI中怎样进行蛋白质序列查询？（梁照东李磊） 35、NCBI中的SRA是什么意思？（梁照东李磊）
36、clipboard的作用是什么？如何使用？（罗奉奉）
37、知道一个酶的英文怎么在NCBI上查找基因? （吴三民） 38、什么是参考序列RefSeq？RefSeq记录的特征是什么？（吴三民） 39、RefSeq和genbank的数据有什么区别？（吴三民） 40、PubMed数据库的全文如何获取? （陈国利）
41、怎样才能在NCBI实现大批量数据的一一对应? （陈国利） 42、如何访问RefSeq？怎样引用RefSeq的数据？（丁猛）
43、NCBI有种类繁多的数据库，列举其中常用的五个并说明其包含的内容和用途？（密克） 44、NCBI有哪些的分子数据库？分别可以查询到什么内容？（陈承晓） 45、NCBI集成了数十种小的软件请下载一种本尝试使用? （密克） 46、如何在NCBI上搜索一个蛋白质？（赵建宇） 47、怎么用NCBI查询蛋白质的mRNA序列？（赵建宇） 48、如何在NCBI上查找与已知蛋白质相关的文献？（赵建宇） 49、PubMed主要有哪些检索途径？（罗奉奉） 50、如何正确输入自由检索途径的检索词？（罗奉奉） 51、期刊检索和著者检索输入应注意什么？（罗奉奉）
52、在pubmed central的辅助检索工具中可以在何处限定检索词匹配？（罗奉奉） 53、在preview/index中如何添加索引词？（罗奉奉）
54、在辅助检索工具中可以在何处限定检索词匹配？（罗奉奉）
55、PubMed和PubMed central的区别？（罗奉奉）
56、如何用NCBI查找已知基因的序列？它的具体步骤是什么？（农清栋） 57、如何在NCBI上找到HNF-4的第4个外显子的序列？（农清栋）
58、利用NCBI查找基因序列时，得到的序列号的开头一般都有两个字母：
AF,AY,EF,DQ,NC,EU,FJ，这些字母分别代表什么意思呢？ 有的为一个字母或三个字母有什么区别？（范素华）
59、如果克隆一个基因时，在NCBI上查询该基因出来很多条序列，怎么确定用哪一条比较好？（范素华）
60、利用NCBI怎么可以知道目的基因位于整个RNA的哪个位置？（范素华）
61、在nucleotide数据库中，在限制范围中的STSs和TPA各代表什么意思？（农清栋） 62、在nucleotide数据库中，在详细参数（Details）中URL是什么意思？（农清栋） 63、怎样在PubMed中获取全文？（梁伟）
64、什么是非偏型cDNA文库？（吴兰兰）
65、Find conserved domains
sequence (cds)这个比对的作用是什么？（吴兰兰）
66、核酸序列分析和蛋白质序列分析有何区别？是否可以互换？（吴兰兰）
67、序列比对后的结果中怎么区分相似性和同源性？（吴兰兰）分数多高可以认为两条序列
具有显著的相似性？（张水龙）
68、如何使用GO处理大批量蛋白? 如何对批量的蛋白数据进行分类和功能注释？（覃振萍）
69、在实验中获得了一个新基因并测定了其序列,根据生物信息学的知识,如何推测该基因的编码产物的生物学功能？（梁照东李磊） 70、怎样解读一段序列? （梁照东李磊）
71、如何分析蛋白质亲疏水性（主要是如何看亲疏水性的图）？（杨丽超） 72、有哪些网站可以进行基因启动子预测，如何分析预测结构？（杨丽超） 73、如何使用ExPASy的酶数据库预测酶的催化位点结合位点或基团？（杨丽超） 74、用多重序列比对进行蛋白质结构预测的好处是什么？（杨霞） 75、怎么进行蛋白质序列分析？（杨霞）
76、怎么确定蛋白质多个序列之间的相似区域（如保守域）？（杨霞） 77、怎么进行蛋白质结构与功能的生物信息学研究？（杨霞）
78、对于一个蛋白质，我们怎样进行二硫键预测？（杨霞）
79、蛋白质三级结构预测方法中同源建模和折叠识别有什么区别？（杨霞） 80、什么是基于神经网络的蛋白质二级结构预测问题？（杨霞） 81、域家族超家族如何定义？之间关系如何？（陈琦）
82、为什么同一序列在不同的数据库里分析会出现不同的结果？（陈琦） 83、如何通过质谱资料鉴定蛋白质？（廖舟翔）
84、如何通过等电点与分子量信息来鉴定蛋白质？（廖舟翔）
85、如何通过酶切肽段指纹图谱来鉴定蛋白质？（廖舟翔） 86、假设给你一条蛋白质序列，要求预测该蛋白质的结构。你计划采用什么策略来预测该蛋白质的结构？（黄明慧）
87、如何对核酸序列进行预测和鉴定？（韦缘）
88、如何对蛋白质的一级二级三级结构进行分析？（韦缘）如何确定一蛋白质的结构域？（汪
小波周敏）
89、如何预测信号肽？（韦缘）