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任的态度。仅仅用Seraph作为一道防火墙来保护核心Oracle不被影响。但是Neo这次没有接受前任们的命运，他拒绝帮助Matrix。但是通过和Architect的接触，Neo理解了发生在自己身上的事情的本质。他终于明白了为什么机械世界需要他，却必须要毁灭他和其他Zion人类的原因。在影片结束，Neo的进化达到了一个全新的程度——他已经可以用脑电波来直接解析代码。
黑客帝国3
第三集一开始，尼奥和本恩（被Smith附身的那个人）头对着头躺在医疗床上，这又是一个画面化的寓言，影片的开始是尼奥和Smith这对冤家碰头，而影片也以尼奥和Smith的对决作为结束的。尼奥的思想已经被囚禁到一个叫 Mobile Ave 地铁车站里面，这里他碰到了三个人物，三个流放者，他们是一个三口之家，也就是三个即将被删除的程序，他们正等着那个法国人来搭救他们，还记得吗，这个法国人就是专门收留这些即将被删除的程序的。在这里，尼奥和三个人中的男性有很长的一段对话，从对话中，我们开始知道，这个车站其实是一个法国人编写的走私程序，是专门负责来运送非法程序的，法国人就是通过这个车站来运送那些即将被删除的非法程序，而要逃离这个地方的唯一办法就是搭乘“车主（也是法国人的手下，影片中说的train man，火车人）”驾驶的地铁离开。尼奥当然要借助他人的力量离开，谁？当然只能是崔尼悌和莫非斯，在先知保镖的协助下，他们胁迫法国人把尼奥营救了出来，通过法国人我们又知道了先知保镖其实原先也是法国人的手下，也是一段将被删除的程序，后来离开了法国人，成了先知的保镖。
这时候，电影分成了两条主线，一条主线是以锡安的生死存亡为线索的，另一条则是尼奥寻找机器之主为线索的。尼奥和崔尼悌选择驾驶飞船去寻找机器之主，而其他人回去帮助锡安抵抗几百万个八爪鱼的入侵；
有一个插曲是尼奥在Matrix2中和Smith的化身本恩的决斗，尼奥付出眼睛受伤的代价杀死了本恩，但是这时候眼睛对于尼奥来说已经是多余的了，因为尼奥已经开始认识到所谓的锡安世界也只不过是Matrix2而已，这一点从之前尼奥与先知的对话中可以证明，尼奥见到先知马上问的问题就是“为什么我能空手杀死八爪鱼？”。这时候在尼奥的眼中，所谓的真实世界也变成了矩阵，尼奥眼中的Matrix是绿色的矩阵，而Matrix2则是橘红色的矩阵以示区别。他判断出，Smith的行为和其他程序大不一样，会对整个机械世界造成严重的破坏。而唯一能够和他对抗的人就是自己。于是他决定以自己作为筹码来挽救所有Zion的人类，使进化了的人类免遭毁灭得以延续。Neo的判断非常准确。在Matrix中Smith最终突破了Seraph这道防火墙，侵入了核心Oracle。由于Oracle是整个Matrix的核心，拥有最高权限，因此当Oracle被Smith占据之后，整个Matrix中所有的系统程序都对Smith开放了，Smith获得了Matrix最高系统权限。而Matrix直接和机械世界相连，Smith将可以通过Matrix占领整个机械世界。于是机械世界封闭了和Matrix所有连接通道以作为抵抗，但机械世界也知道这不是长久之计，Smith早晚会突破封锁浸入机械世界。
这一集的从视觉效果上来说的第一大看点就是主线之一的锡安保卫战，锡安的战士开动着巨大的机器人要面对几百万只八爪鱼的进攻，场面我只能用“喘不过气”来形容，但是这些战士是可怜的，他们并不知道自己不是在真正的真实世界中，他们看到的八爪鱼也只不过是程序创建的，永远也打不完，对于机器之主来说，他想要多少八爪鱼就可以有多少，ctrl+c就轻松搞定了，因此尽管锡安的战士竭尽了全力也无法阻止八爪鱼的进攻，面对成百万个八爪鱼，他们能做得只剩下一件事情了，“尼奥，不管你现在再做什么，都请你快点！”（//林克说的？）。回到尼奥这里，尼奥和崔尼悌驾驶着飞船直奔“农场（第一集中的人类养殖场）”而去，那里是八爪鱼的老家，尼奥手一伸，飞船周围的成千上万的八爪鱼都爆炸了，尼奥终于可以在Matrix2中用自己的意识击溃八爪鱼了。但是，八爪鱼实在太多了，尼奥的“能力”
（这时候是否已经可以说是“权限了”）不够，未能阻止飞船的坠毁和崔尼悌的牺牲，但是尼奥终于能够和由成千上万的八爪鱼组成的机器之主面对面的对话了。尼奥的要求很简单，不要杀死锡安中的人类，尽管他们也是活在一个Matrix中，但那些毕竟是有着思想的人类，他们也代表着一个生命。机器之主问：你向我提出了要求，但你有什么可以交换的？尼奥说，我可以帮你平定你现在最大的威胁——Smith。机器之主短暂考虑后答应了尼奥的要求。为什么会答应？Smith为什么会成为机器之主最大的威胁？我们现在来说这一集中的另一条暗线，就是Smith。Smith到底是什么人，第一集中，我们认识到他是Matrix的入侵检测程序——特工，在第二集中从他自己的口述和行为上我们认识到他已经升级为不受Matrix控制的独立程序，而且向病毒一样在Matrix中蔓延，到了第三集，我们从先知的口述中认识到了Smith正是尼奥的另一面，就是说尼奥是正面，Smith是负面，还记得设计师说尼奥是方程式中所有不和谐的残留余数的总和吗？那么先知这次就明确的说了，尼奥你就是正数，有正必有反，Smith就是负数，多么有意思的比喻，尼奥是正数代表着正义，而Smith是负数代表邪恶，邪恶的Smith像病毒一样Matrix中不断蔓延、自我复制，甚至连先知也未能逃脱被Smith的感染，尼奥和Smith的对决就像是正负电子的对撞，注定了正负相抵，打平手。
Neo被接入了Matrix，他主动将自己的意识和Smith意识进行融合，在不断的打斗中逐渐解析构成Smith的程序。当解析完成的时候，机械世界便可以直接使用Neo的意识作为接口，消灭掉全部构成Smith的代码。最终Neo被Smith融合，Smith程序的解析也同时完成。巨量的代码通过Neo的大脑被输入到Matrix直接烧毁了Neo的大脑。Neo的牺牲拯救了机械世界。而机械世界则遵照约定放过了Zion的全部人类。之后，Smith被消灭，机械世界也完成了对Neo的解析（机械世界对Neo的解析和Neo对Smith的解析是同时进行的），重建了Matrix。在Oracle和Architect最后的对话中，Architect对Oracle隐瞒还
有其他方法可以解决机械世界表达了不满（机械世界可以采用类似Smith的方式对Neo的意识进行侵蚀强迫Neo帮助他们，但这种方式带有相当大的不确定性，如果Neo强大到可以拒绝这种侵蚀，就像他在第二部电影里对付Smith那样的侵蚀的话，机械世界就有失去最后解决Smith的方法的危险）。但Architec也承认，进化了的人类可以和机械避免互相毁灭和平共处。
虽然结局是一定的，但是这场旷世大决斗还是拍的没有让任何人失望。动作导演是大名鼎鼎的袁和平，他安排的暴雨中的对决，而背景的音乐则是气势宏大的交响加合唱，其气势之恢宏，视觉效果之壮烈，正如沃桌斯基自己说的那样，要“终结所有的两人对打”，尼奥和Smith两个人打遍全宇宙，从地面打到空中，在失重的情况下对决，又打到地下，最终的结局正如我预料的那样，Smith复制了尼奥，但是这种复制就像是正负电子的对撞，结局是两者的融合，或者说湮灭。尼奥和Smith都死亡了，被Smith复制的所有人都恢复了原形，八爪鱼也停止了对锡安的进攻，一瞬间，Matrix被重构（Reboot），就像操作系统被重启，一切又回到了原样（第二集叫Reload我看第三集叫Reboot既对仗工整又说明主题），Matrix又回到了第一集中我们看到的模样，如果这时候放映第一集，我们就可以认为是Matrix IV，故事完成了一个循环。顶着灿烂的阳光，设计师这个长得像肯德基老头的人走向先知说你玩的这个游戏很危险知不知道；先知说知道，但是它能换来稳定；老头说这个稳定能维持多久；先知说能维持多久就让她维持多久，你打算怎么处理那些想出去的人？老头说我会给他们自由；先知说是真的吗？老头反问，你以为我像人类一样撒谎吗？微笑一下转身走了。影片完。
最后这一段对话很多人可能不能理解，到底在说什么，我的理解是这样，影片中的一切，都是先知设计的一个Matrix的升级程序，尼奥的诞生和Smith的出现虽然她不能预计到所有的后果，但是基本的进程是在她的设计中的，但是不可否认，这个升级程序有一定的危险性，有很多不可控的因数。先知最危险的举动就是让Smith复制自己，这就好像我们要杀
病毒，在没有被病毒感染的时候，我们很难知道病毒的特性从而清除他，往往要让病毒感染了文件以后，我们才能有效的研究出病毒代码，先知就是置之死地而后生，选择被Smith感染来了解他，但这无疑是很危险的。设计师他会给那些想出去的人自由，当然指的就是锡安的那些叛军，这个自由可以做两种的理解，一种理解是维持锡安的稳定，让他们在锡安中继续安居乐业，给他们自己认为是自由的自由，锡安的人到目前为止也没有一个人明白他们身处Matrix2；另一种理解是设计师可能真的会让他们脱离试管，回到自己真正的真实世界(//人类世界)，Matrix2就是以真实世界为原型设计的，这些锡安人也会很快的适应真实的世界的生活；先知问你说的是真的吗？老头反问你以我是人类吗？这句话再明白不过，只有人类才会欺诈，我不会骗你的，我会遵守我和尼奥之间的协议。到这里，我们也明白了，机器之主在Matrix中的代言人就是设计师，就像网络游戏的设计师也需要一个在游戏中的角色去体验一样。 影片看完了，所有的谜底都揭开了，这个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的终点就是机器文明的起点，那么机器文明呢？他已经开始进化了，必然也有其终点，他的终点又是什么的起点呢？我想，这大概是影片留给观众的最大思考。